Il nome deriva da Gradate ed esistono diverse ipotesi che tentano di stabilirne la provenienza: secondo alcuni deriva dal nome latino di persona Acrius, secondo altri dal temine dialettale agher (acero). Altre ipotesi vogliono che derivi dal nome Acratus o Gratus con il suffisso -ate. La specifica Brianza è successiva. Agrate, chiamato in prima Gradi, fu detto anche Gratis, Grà, Grate, Gratum e finalmente Agrate.

Agrate vanta origini molto antiche: verso il 1880 si rinvennero fondazioni di indubbia origine romana, che, insieme con un’ara di granito, ora sostenente l’arcata di una porta di masseria, attestano l’esistenza di un vicus romano.

Verso la metà del sec.XIX nel demolire un muro della casa parrocchiale di Agrate, fu scoperta una lapide con la seguente epigrafe cristiana risalente al finire del sec.V o all’inizio del seguente, poiché si accenna a un Boezio console, e Boezio fu console negli anni 487, 510, 522: Hic requiescit in Pace Primula quae Vixet in seculo annus PL.M: XLV deposita sub V idus decembres Boetius vivo clariss.cos

Dell’aprile 745 il testamento di Rottoperto "de vico Agrate" che costituisce un ospedale in Agrate per i poveri e per i pellegrini (Codex dipl.Lang., col.25, doc. XI). Nell’anno 835 Angilberto II arcivescovo di Milano nomina Gaudenzio in abate di S.Ambrogio e tra i beni del monastero è ricordato Agrate, che viene chiamato Gratem. Nel sec. XIII Agrate doveva costituire un comune rurale, se troviamo sotto la data del 1202 febbraio 11 una transazione fra i consoli d’Agrate a nome del proprio comune e la canonica di Vimercate.

Agrate diede i natali a Matteo Ferrai, medico della duchessa Bianca Maria Sforza e lettore nell’Università di Pavia, e a Marco d’Agrate, che fu l’autore della famosa statua di S. Bartolomeo nel Duomo di Milano.

Questa località, trovandosi in una posizione molto felice, si è arricchita nei secoli scorsi di belle ville, fra cui le più notevoli la Villa Fè, la Villa d’Adda, la Villa Corneliani e la Villa Trivulzio.